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登録販売者と薬剤師の仕事の違いは、取り扱うことのできる医薬品の種類が異なる点にフォーカスするとわかりやすくなります。

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薬は大きく「医療用医薬品」と「一般用医薬品」に分けられます。「医療用医薬品」は病院や歯科医院などで医師や歯科医師が処方する薬のことで処方薬とも呼ばれます。一方、一般用医薬品は医師の処方箋がなくてもドラッグストアなどで購入できる薬のことで、市販薬とも呼ばれます。
医療用医薬品は、医師が発行した処方箋を基に調剤薬局で薬剤師が調剤し患者に提供されますが、登録販売者はこの調剤の業を行うことはできません。
つまり、下図のように薬剤師は医薬品の調剤も販売もできるのに対し、登録販売者は医薬品の販売のみに携わることができるということです。

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医師、歯科医師から発行された処方せんに指示されている内容が適正であると確認した後、指示されている医薬品を使用して患者の疾患の治療のための薬剤を指示された使用法に適合するように調製し、患者に医師の指示どおり正しく使用するように指導しながら交付するとともに、服用後の有効性と安全性を観察して医師と連絡を取りながら処方の修正など適切な措置を行うこと。

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薬剤師と同じく一般用医薬品の販売ができる登録販売者ですが、一般用医薬品のすべての販売ができるわけではありません。一般用医薬品は、副作用等が発生するリスクに応じて第1類、第2類、第3類の3種類に分けられていて、そのうち登録販売者が携わることのできる医薬品は第2類と第3類に限られます。
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それは、薬剤師が不在にしているため第1類医薬品が手に取れないようクローズにしている、もしくは薬剤師がいないため第1類の医薬品を取り扱っていないということです。
とはいえ、一般用医薬品の9割以上は第2類と第3類で占められており、第1類医薬品は一般用医薬品全体のごく一部。登録販売者がいることでドラッグストアなどの小売業では、十分に営業することができるといっていいでしょう。

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今や医薬品販売業界での主戦力は、登録販売者が薬剤師に取って代わったのは間違いなく、今後もその傾向はますます強まるといっていいでしょう。